帳票タイプが適格請求書であるにもかかわらず、インボイス番号が記載されていない場合は、
適格請求書発行事業者登録番号の欄が空欄になっている可能性があります。
番号を登録することで帳票に記載されるようになります。

・注文書・支払通知書の場合
下位会社またはフリーランスの適格請求書発行事業者登録番号が登録されているかご確認ください。

・見積書・請求書の場合
自社情報の適格請求書発行事業者登録番号が登録されているかご確認ください。